Yeni Malatyaspor, bu sezon Nesine 3. Lig 3. Grup’ta oynanması gereken karşılaşmalara çıkmaması nedeniyle profesyonel liglerden amatör lige düşürüldü. Türkiye Futbol Federasyonu Profesyonel Futbol Disiplin Kurulu, kulübün aynı sezon içinde iki müsabakaya çıkmaması üzerine bu kararı verdi.
Sarı-siyahlı ekip, ligin ilk haftasında Karaman FK, ikinci haftasında ise Ejderoğlu Kırşehir FK ile oynanması gereken maçlarda sahaya çıkmadı. Kararın kesinleşmesiyle kulübün 19 yıllık profesyonel lig macerası sona erdi.
1986’da amatör ligde futbol hayatına başlayan Yeni Malatyaspor, 2014-2015 sezonunda 2. Lig Beyaz Grup şampiyonluğu yaşayarak 1. Lig’e yükseldi. Malatya temsilcisi, 2016-2017 sezonunda Süper Lig’e çıktı ve en üst ligde beş sezon mücadele etti.
2018-2019 sezonunda Süper Lig’i 5. sırada tamamlayan Yeni Malatyaspor, aynı dönemde UEFA Avrupa Ligi’nde Türkiye’yi temsil etti ve 3. eleme turuna kadar yükseldi. Kulüp, 2021-2022 sezonunda Süper Lig’e veda etti; ardından ekonomik sorunlar ve karşılaşmalara çıkamama gerekçeleriyle lig basamaklarında geriledi.